Balai Geospasial Pesisir dan Gumuk Pasir memiliki beberapa fasilitas yang terdiri dari:
GEDUNG KANTOR
Gedung Kantor difungsikan sebagai ruang kerja, penelitian dan pengkajian teknologi terbaru.
GEDUNG KERUCUT (MUSEUM)
Gedung Kerucut berfungsi sebagai museum gumuk pasir. Pada Gedung Kerucut dipamerkan koleksi yang dimiliki BGPGP yang meliputi tema gumuk pasir dan peralatan pemetaan masa lalu. Gedung Kerucut juga menyajikan koleksi tentang gumuk pasir, tema kepesisiran dan teknologi geospasial.
RUANG STUDIO
Ruang studio digunakan sebagai ruang pemutaran film untuk pengunjung Museum Gumuk Pasir. Ruang studio juga dapat berfungsi sebagai tempat presentasi.
RUANG DIKLAT
Ruang diklat Balai Geospasial Pesisir dan Gumuk Pasir terdapat 20 buah komputer, digunakan sebagai tempat untuk menyelenggarakan pelatihan atau workshop.
AUDITORIUM
Balai Geospasial Pesisir dan Gumuk Pasir menyediakan auditorium berkapasitas 100 orang yang dapat digunakan untuk acara pertemuan dan seminar.
RUMAH SINGGAH
Rumah Singgah merupakan bangunan yang berdiri hasil berkat kolaborasi dengan FGE UGM. Rumah Singgah terdiri dari GeoCamp (kapasitas 100 orang) dan RUSUNAWA (kapasitas 280 orang). Rumah singgah biasa digunakan untuk menginap bagi para peneliti maupun kegiatan mahasiswa di sekitar Pantai Parangtritis.
TEMPAT PARKIR
Tersedia tempat parkir motor dan mobil, Halaman BGPGP yang luas juga berfungsi sebagai tempat parkir yang dapat memuat hingga tujuh bis pariwisata